Der Tanganjikasee ist der zweitgrößte unter den ostafrikanischen Seen. Ein Vergleich zwischen dem flächenmäßig größeren Viktoriasee mit 68635 km² und dem Tanganjikasee mit rund 34000 km² fällt jedoch dann zugunsten des letzten aus, wenn man die mittlere Tiefe berücksichtigt. Während der Viktoriasee eine mittlere Tiefe von 40 Metern aufweist (Maximaltiefe 93 Meter), liegt dieser Wert im Tanganjikasee immerhin bei 570 Metern (Maximaltiefe 1470 Meter).
Damit wäre die Wassermenge im Tanganjikasee siebenmal größer. Der Tanganjikasee ist nicht durch einen plötzlichen Verriss der Erdkruste entstanden, sondern die Senke bildete sich durch das stufenweise Absinken einer bestimmten Landzone, nachdem sich Teile Zentralafrikas im Verlauf der Erdgeschichte vorher bis in Höhen von 3000 Meter angehoben hatten. Heute liegt der Seespiegel 773 Meter über dem des Meeres.
Der Grund des Sees ist in zwei Bassins geteilt, die durch einen unterseeischen Gebirgszug voneinander getrennt sind. Dabei ergibt sich für das flachere nördliche Becken eine Maximaltiefe von etwa 1300 Metern und für das südliche von 1470 Metern. Der Tanganjikasee ist damit nach dem Baikalsee in Sibirien (Maximaltiefe 1742 Meter) der zweittiefste See unserer Erde.
Der Canyon, der den Tanganjikasee ebenso bildet wie den Malawisee, würde, wenn man ihn sich ohne Wasser vorstellt, im Zusammenhang mit seinen höchsten Erhebungen rundum, zu den gewaltigsten der Welt zählen.
Durch den großen Mineralsalzgehalt ist der pH-Wert des Wassers in den Seen des afrikanischen Grabenbruchs ziemlich hoch. Das ist der Grund dafür, dass sich die leeren Gehäuse der Schnecken, wenn diese verendet sind, nicht zersetzen. Nur saures Wasser könnte dies erreichen. Der Umstand des hohen pH-Wertes trug in einigen Fällen aber auch zur Bildung der großen Artenzahl tierischen und pflanzlichen Planktons bei, davon profitieren wiederum die Vertreter vieler Fischarten.
Das Leben im See ist weitestgehend vom darin gelösten Sauerstoff abhängig. Er reicht in Tiefen zwischen 100 und 250 Metern hinab. Wo er fehlt, ist begreiflicherweise jedes aerobe (sauerstoffabhängige) Leben erloschen. In den Zonen jedoch, in denen sich Leben entfalten kann, geschieht dies meist in unvorstellbarem Reichtum. Um sich die Komplexität des Sees vor Augen zu halten und damit die Frage zu beantworten, wieso, und warum sich so viele Arten bilden mussten und konnten, muss man alle Umstände berücksichtigen, die in dem langen Leben dieses Gewässers eine Rolle spielten: Das Alter des Sees, das sich über mehrere Millionen Jahre erstreckt und den Prozess der Spezialisierung erlaubt; die Isolation des Sees und seine gleichzeitige Lage nahe dem Äquator; seine unterschiedlichen Strände, die teilweise aus flachen Sandufern, Geröllzonen, abstürzenden Felsmassiven oder auch Sumpfgebieten bestehen, trugen dazu - verbunden mit den verschiedenen chemischen Eigenschaften des Wassers - neben der Artenvielfalt zwischenzeitlich auch zur Bildung bestimmter Populationen und weiterer Farbvarianten bei.
Die angrenzenden Staaten Tanganjikasees sind im Norden die Republik Burundi; im Osten die Vereinigte Republik Tansania, im Süden die Republik Sambia und im Westen die Demokratische Republik Kongo (bis Mai 1997 Republik Zaire).

Die Chemie des Tanganjikasees:

pH-Wert: 8,6 - 9,5
Gesamthärte: 7 - 11° dGH
Karbonathärte: 16 - 19° dKH
Leitfähigkeit  bei 20°C: 570 - 640 Mikrosiemens/cm
Oberflächentemperatur: 24 - 29° Celsius
Tiefentemperatur: etwa 23° Celsius
Sichtweite: bis 22 m

Das Sandlitoral

Die fast immer flach abfallenden Sandbuchten und Strände sind sowohl in ihrer Beschaffenheit, als auch von der Artenvielfallt trist und öd. So bieten sie dem Taucher nicht allzuviel Veränderung. Verschiedentlich sind größere Schwärme oder kleinere Gruppen silberfarbener Cichliden zu beobachten, die bodenorientiert oder in einigem Abstand zum Grund leben.Diese Cichliden der Gattung Xenotilapia, Grammatotria, Ectodus, Lestradea, Cardiopharynx, Callochromis und mit Ausnahme Simnochromis an. Vereinzelnt können leere Schneckengehäuse im Sand vergraben sein und sehr kleinen Buntbarschen, den sogenanten Schneckencichliden, Unterschlupf bieten. Einen solchen Biotop finden wir z.B. am Club du Lac Tanganjyka, in Burundi. Der lange Sandstrand setzt sich auch unter Wasser fort und fällt nur in äußerst flachem Neigungswinkel auf größere Tiefen hinab. Der Taucher muß ziemlich weit rausschwimmen, um auf zehn Meter Wassertiefe zukommen. Da in diesem Lebensraum keine Steine vorhanden sind, bleiben die von der Brandung aufgeworfenen ,, Sandwellen" die einzigen Abwechslungen, die das Auge unter Wasser ausmachen kann. Die Cichliden dieses Lebensraumes sind farblich meist sehr angepaßt. So finden wir in der Regel sandfarbene und silbrig-glänzende Fische an. Die männlichen Tiere können bei einigen Arten, wie zu Beispiel den Xenotilapia-Arten, ein ausgesprochen attraktives Balzkleid besitzen. Diese schimmernden Farben fallen im verstecklosen Biotop sofort ins Auge und sind für die fortpflanzungsbereiten Weibchen von Bedeutung,signalisieren sie doch, welche Mänchen balzaktiv sind.