Aquarienpflanzen verwerten das ausgeschieden Kohlendioxid und wandeln es in Zucker um, dabei fällt der wichtige Sauerstoff ab. Auch Schadstoffe im Aquarienwasser werden durch Wasserpflanzen gut gebunden. Wichtig für die Fische sind Pflanzen zudem als Schattenspender und Versteckmöglichkeit oder auch als Ablaichplatz.

Auch Pflanzen benötigen, ebenso wie die Fische, regelmässige Teilwasserwechsel. Die Wasserpflanzen dürfen niemals mit Nitrat und Phosphat gedüngt werden, da diese Stoffe durch die Fische ohnehin im Übermaß produziert werden. Wichtiger Zusatzstoff für Wasserpflanzen ist Eisen. Eisenmangel erkennt man an glasig-gelben Jungblättern. Der Eisengehalt sollte um 0,1 Milligramm je Liter liegen.

Für den Bodengrund wirkt sich feinkörniger Kies (2 bis 3 Millimeter) optimal aus: Die Wasserzirkulation im Boden bleibt erhalten, es fallen keine faulenden Stellen im Boden an und die Wasser-Boden-Temperatur ist nahezu identisch.

Für den Hintergrund eignen sich hochwachsende Stengel- oder Rosettenpflanzen - beispielsweise Valisnerien. Vom Hintergrund zum Vordergrund sollte in absteigender Wuchshöhe gepflanzt werden. Dichte Bepflanzung zu Beginn der Einrichtung eines Aquariums ersparen schon viele Anfangsschwierigkeiten. Bei CO2-Düngung eignen sich schnellwachsende Stengelplfanzen, die ein Übermaß an Algen verhindern. Ohne CO2-Düngung eignen sich langsam wachsende Stengelpflanzen, die mit niedrigeren Kohlenwasserstoffmengen zufrieden sind. Dabei sollte peinlich genau auf das Auftreten von Algen geachtet werden.
 
Nach dem Kauf der Pflanzen werden diese von allen mitgelieferten Materialien befreit (Töpfe, Steinwolle, Bleidraht und so weiter). Die Wurzeln von Rosettenpflanzen müssen auf ungefähr drei Zentimeter zurückgestutzt werden. Stengelpflanzen werden vorsichtig in den Kies gedrückt, für Rosettenpflanzen sollte zunächst ein Loch im Bodengrund geschaffen werden. Verletzte Stengel und Blätter müssen vor dem Einsetzen abgetrennt werden.

Spezielle Verankerungsmöglichkeiten benötigen Aufsitzerpflanzen. Sie müssen mit einem Faden an Steinen oder auf Wurzeln befestigt werden. Schwimmpflanzen sind die pflegeleichtesten, sie treiben lediglich auf der Wasseroberfläche. Allerdings ist hier ein ausreichender Luftraum unter der Wasserobefläche nötig, wie beispielsweise in Aquarien ohne Deckel.

In der ersten Zeit nach dem Einpflanzen sollte nicht gedüngt werden. Manche Pflanzen müssen zunächst noch Wasserblätter, die sich in einigen Fällen stark von Luftblättern unterscheiden, bilden. Grundsätzlich gilt für Wasserpflanzen dasselbe wie für Topfblumen: So selten wie möglich umpflanzen, denn die grünen Lebensgefährten müssen sich von dem Schock immer erst erhohlen.